La Asamblea de Instituciones Asociadas, “constituye la máxima autoridad jerárquica y el órgano deliberante y de decisión estratégica general” (Art. 19º del Estatuto).

La Asamblea designa anualmente entre sus miembros al Directorio de la Asociación.

El Directorio es el “órgano de dirección, administración y representación generales, encargado de controlar y velar por el fiel cumplimiento de los objetivos de la institución y de las resoluciones adoptadas por las Asambleas de Instituciones Asociadas” (Art. 26º del Estatuto).

El Director/a Ejecutivo/a es el representante legal de la institución y “responsable de la ejecución adecuada y eficiente de los planes y programas y de velar por la correcta administración de sus recursos, así como de la coordinación y ordenamiento de todas las actividades de la institución, en sus distintas instancias y niveles” (Art.40º del Estatuto).

Los Coordinadores de Programas (Desarrollo del Poder Local, Programa NINA) y el Director Administrativo responden ante el Director Ejecutivo y tienen a su cargo la ejecución de sus tareas específicas.